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自贡市疾病预防控制中心是四川省卫计委确定的第一个市级三级甲等疾控中心，建有一个院士工作站。现有职工146人，有12个业务科室和5个职能科室，是四川大学、重庆医科大学、西南医科大学等高等院校的教学实习基地。
中心拥有实验室资质认定、国家实验室认可、食品检验资质、职业卫生技术服务机构资质等九项资质。建立了传染病预防控制国家重点实验室自贡研究基地、PulseNet China网络实验室、结核病耐药监测实验室、结核病监测重点实验室、PCR实验室快速检测重点实验室、流感病毒培养重点实验室、食品安全与营养理化检测重点实验室、细菌性食源性疾病病原监测重点实验室、艾滋病确证重点实验室。结核病防治所、“卫生检验检测中心”及职业病防治与放射卫生所为市级重点医学专科。结核病耐药监测实验室为全省首个在建的省级重点结核病实验室。
中心有良好的科研和新技术管理、开发运行机制，科研教育基金投入逐年增加。五年来中心参与国家标准制定1项，国家及省市立项科研课题20项，其中承担传染病控制国家重点实验室开放课题立项3项，参与国家疾控中心、复旦大学承担的国家自然科学基金项目、中科院项目等6项；获得全国首次发现脓毒分枝杆菌、全省首次发现马赛分支杆菌以及分离出大肠杆菌O128：H45被国家收入标准菌株库的重大科研突破，获省市科技进步奖3项、国家级实用新型专利1项；申报市卫生系统新技术项目及创新应用15项，获奖8项；中心立项14项,参与协作高校和国家疾控中心课题7项；国家级及以上刊物发表论文98篇，SCI期刊发表论文5篇。中心高度重视人才队伍建设，先后派出10批25人次到国家疾控中心进修学习，参加国际和全国性学术会议65批次，共计126人次。现有省级专家库专家8名，高校兼职教授副教授7名。
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