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中国科学院生物物理研究所王晓晨组以秀丽线虫为模式系统，综合运用遗传学、细胞生物学、分子生物学等手段，研究凋亡细胞识别、吞噬和降解的分子机制；溶酶体的动态变化和功能的调控以其生理意义和病理相关性。
实验室系统地研究了凋亡细胞的清除机制 （Development, 2008，2009 ; PLoS Genetics, 2009，2010；Nature Cell Biology, 2010; PNAS USA, 2010；Genes & Development, 2012；Current Biology, 2012；Science, 2012; Autophagy, 2013；J Cell Biol, 2015，2017）。以线虫为模式建立了多细胞生物体的溶酶体研究体系（Science, 2012；J Cell Biol, 2016）。目前正在对溶酶体稳态平衡，包括溶酶体发生、完整性、动态变化及其生理功能进行系统研究。
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