海南医学院药学专业2001年开始招生，2007年获批海南省特色专业建设，2009年获批国家级特色专业，2012年申请获批国家级药学专业综合改革试点项目，2014年完成全国药学本科专业认证试点，获批6年认证有效期。同年，获批为硕士学位授予点，并开始招生。2017年获批成为博士点建设单位。药学院不断加强学科建设，凝练研究方向，在科学研究、教学改革、实践基地、学生获奖等各方面均取得较好业绩。

科学研究：紧紧围绕海南特色资源优势，立足于海南经济社会发展，不断凝练，形成5个稳定的研究方向，即“中药与天然产物活性成分研究”、“药物的药理、毒理及作用机制研究”、“热带药用资源的生药学研究”、“体内外药物分析”及“热带药用资源的开发利用研究”。拥有海南省热带药用植物研究开发重点实验室、海口市黎族医药重点实验室、国家中医药管理局下属的海南省中药原料质量监测技术服务中心，共同搭建学科科学研究的技术平台。主持省部级及以上科研项目56项（国家级项目22项），科研经费近两千万元；获海南省科技进步奖一等奖1项，三等奖1项；发表SCI论文70余篇，授权国家发明专利6项。出版姜科植物研究的专著4部；开发系列具有海南元素的化妆品。

教学改革：药学院教师积极进行教学方法与教学手段改革，药理学、药物分析等课程开展主题演讲式教学和PBL教学，中药炮制、天然药物化学实现微课融入教学等。药学专业构建了凸显南药黎药特色的“三模块”实验教学体系。将有关南药黎药研究的科研成果编写为实验内容用于药学本科核心课程药物化学、药物分析学、天然药物化学、药用植物学与生药学、药理学及药剂学等6门课程的实验教学中。“三模块”实验教学体系包括设计性实验、单门课程不同知识点的综合性实验及按照新药研发思路设计的各门课程整合性实验，已编写入《药学综合及设计性实验教程》在科学出版社出版。通过多年实践，发表教学论文17篇，承担教研课题10余项，主编教材7部，参编实践教辅7部。《药学综合设计性实验》、《化学综合实验》在校内使用。南药黎药的特色融入药学人才培养的全过程，实现了“科研成果惠及教学”的办学理念。胡椒整合项目“胡椒的鉴定、胡椒碱的提取和质量分析和胡椒碱胶囊的制备”在“第一届全国医药院校药学、中药学实验教学改革大赛”中，与117个参赛项目竞争，最终脱颖而出荣获特等奖。2017年，申报获得海南省教学成果一等奖1项。