盐都区现有区、镇医疗机构21家，其中三级甲等医院1家（盐城市第三人民医院），二级医院2家，专科医院1家，卫生院13家，社区卫生服务中心4家。现有8个省临床重点专科、4个省基层医疗卫生机构特色科室、20个名院名医工作室。全区卫生健康工作始终保持省、市前列，先后获得全国基层中医药工作先进单位、全国慢性病综合防控示范区、全国卫生系统先进集体、第二三四轮全国艾滋病综合防治示范区、全国疾病预防控制工作先进集体、全省医改工作先进地区、全省农民健康工程示范区、省卫生健康促进区、省基层卫生十强区等荣誉。