农业部环境保护科研监测所是我国最早从事农业环境科研、监测与信息交流的国家级非营利科研机构。现有高级研究人员40余人。主要从事农业环境污染控制与治理、生态农业与农业生物多样性保护、农业环境监测与信息、废弃物资源化与环境工程、农业环境标准、环境风险评价等方面的研究与技术服务。建所以来取得科技成果240项,省级部以上奖励70余项。
下设综合办、科技处2个职能部门和生态毒理与环境修复研究中心、农业环境污染防治研究室、资源再生研究室、生态农业研究室、农业环境监测研究室、乡村环境控制研究室、环境影响评价研究室、信息中心等8个业务部门。
中国农业生态环境保护协会挂靠本所,农业部产地环境与农产品安全重点开放实验室、农业部环境质量监督检验测试中心、农业部转基因生物生态环境质量监督检验测试中心、农业部大理生态环境野外重点观测实验站等设在本所。