学校创建于1958年，是国家中医药管理局全国11所重点中医药学校之一，也是江苏省唯一一所中医药高职校，学校于2013年8月更名为江苏省连云港中医药高等职业技术学校。

学校位于国家4A级风景区花果山脚下，连云港市新海新区内，占地面积467亩，采用一次性规划设计、分期施工建设的方式，能容纳6000名学生学习、生活。学校设有现代化的多媒体教室、电子阅览室，建立了校园网，图书藏量15万余册。学校拥有中药饮片厂、药物制剂实训工厂等校内实训基地11个（省级以上3个），拥有国内同类院校中面积和规模最大的连云港中医药博物馆，有近3000种各类药用动植物标本，药用植物园内植有药用植物400余种。各专业均具备满足教学需要的校内实训基地，校外专业实训基地80余个，拥有与制药企业生产一线同步的先进制剂设备40余台套，为学生实训、见习提供了良好的条件。

学校办学五十余年来，始终坚持以服务为宗旨、以就业为导向的办学思路，秉承“尚德尚能、国粹育人”的办学理念，紧密依托云台山脉、海洋药用资源和本市医药产业，率先在省内采用“半天病房，半天课堂” 校院密切合作的人才培养模式，立足发展稳规模、立足行业调结构、立足内涵抓质量、立足服务促效益，始终紧贴行业、服务产业、携手企业、发展专业，做到质量立校、特色兴校、人才强校、传承中华国粹，弘扬中医药文化，以专业特色服务地方经济发展。