医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，现已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚的省级大型三级甲等综合性医院，目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理。

医院由总院(院本部)、南区（安徽省脑科医院、安徽省心血管医院）、西区（安徽省肿瘤医院）、感染病院（合肥市传染病医院）和微创医学中心组成，正在建设老年医学康复中心和北城医院。目前总占地面积（含规划面积）1158亩，总建成面积68.65万平方米，总在建面积(不含规划建筑面积）51.43万平方米。总编制床位2200张，开放床位5450张，设有61个临床医技科室。2018年门急诊总量425.8万人次，出院22.51万人次，手术11.19万台次。2009年始组建“区域医疗中心协同医疗战略网”，迄今已与省内外69家县市医院建立战略协同关系。全面托管颍上县、长丰县人民医院建立省县医疗共同体，托管包河区望湖城社区医疗服务中心建立社区医疗共同体。

医院现有在职职工7055人，其中卫生专业技术人员6218人，包括高级职称788人。有国家级高层次人才11人次。有国家疑难病症诊治能力提升工程项目2项、国家临床重点专科建设项目6个，省“十二五”临床重点专科17个及培育专科9个；安徽省“115”产业创新团队5支。医院拥有世界顶尖肿瘤放疗设备TOMO，是国家“示范高级卒中中心”和“中国胸痛中心”。脐带血干细胞移植进入国际先进行列，癫痫及帕金森氏病外科治疗等功能神经外科、肝脏移植术、精准肝切除术、腹腔镜肝胆手术、侧卧位下直接前方入路髋关节置换技术（LDAA）等技术国内领先。糖尿病领域的研究和治疗获中华医学会糖尿病学分会最高学术奖项—“科学贡献奖”。心血管内科CRT技术例数连续位列全国第一。亲属间跨血型***肾移植数位居全国第一，***肾移植数位居全国第三、肺移植数位居全国第九。南区位列全国脑血管病百强医院37位、安徽首位。

 医院是中国科学技术大学临床医学院；是天津医科大学博士生联合培养点、山东大学安徽省医学研究生培养基地、安徽医科大学附属医院、皖南医学院教学医院、东南大学生物医学工程转化研究中心与教学基地、合肥工业大学数字医疗卫生技术研究共建基地，河南新乡医学院硕士生联合教学基地。有硕士和博士生带教点53个，博士生和硕士生导师247人。入选首批国家临床教学培训示范中心，拥有国家住院医师规范化培训基地科室34个，首批全国神经外科、心血管病学专科医师规范化培训基地，国家卫计委四级妇科内镜手术培训基地，安徽省首批脑卒中筛查与防治基地，安徽省首个国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、安徽省首批专业技术人员继续教育基地，安徽省首批全科医师师资培训基地。