浙江清华长三角研究院是清华大学和浙江省人民政府于2003年共同组建的产学研机构，是按企业化运作管理的正厅级事业单位。研究院规划用地面积408亩，总投资5.45亿元，首批建成的研究院总部创新大厦于2008年全面投入运营，占地面积约3.1万平方米，建筑面积约5.5万平方米。
生态环境研究所 (简称: 环境所) 成立于2006年，是由清华大学环境学院和浙江清华长三角研究院共同建立的环境保护技术研究机构和成果转化基地。2010年成为国家环境保护技术管理与评估工程技术中心成员单位，2011年获批成立浙江省水质科学与技术重点实验室。
研究所的定位和目标是以清华大学的技术和人才为依托，大力推动浙江省和长三角地区在生态环境领域的应用技术研究和科技成果转化；建立相应的研发基地与示范工程，带动和促进地方环保产业的成长，为地方经济可持续发展服务；同时为本地区在生态环境领域汇聚和培养高级环保人才。研究所与国际国内知名企业密切合作，成立有：废水深度与毒性控制技术开发研发中心；农村水污染控制技术联合研发中心；膜分离水处理技术研发中心。同时以国家高新技术企业——浙江双益环保科技发展有限公司为载体，进行科研成果的产业化推广。
浙江省水质科学与技术重点实验室主要以环境风险需求为导向，以保障饮用水质和环境水质安全为主要目标，突出“水的质量”即水质，重点研究环境水、饮用水（包括水源水及处理工艺及自来水）、污水（包括工业废水和生活污水）中的污染物质及其生态毒理与健康风险，水质毒理的监测技术与仪器，以及去除和控制这些毒性 风险的技术与理论，揭示水循环过程中的水质变化规律和制约国民经济和社会可持续发展的重大水质问题的本质，为水质控制提供工程技术手段和政策手段。
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